Bệnh viện được thành lập theo Quyết định số 417/QĐ-UB ngày 22/07/1977 với tên gọi Viện Điều Dưỡng Thành phố trực thuộc Sở Y Tế Thành phố Hồ Chí Minh. Ngày 10/03/1998 được đổi tên Bệnh viện Điều Dưỡng – Phục hồi chức năng – Điều trị bệnh nghề nghiệp theo Quyết định số 1231/QĐ-UB-NC. Ngày 25/12/2014 được đổi tên thành Bệnh viện Phục hồi chức năng – Điều trị bệnh nghề nghiệp theo Quyết định số 6373/QĐ-UBND.